Nagenoeg vanaf de oprichting heeft het Centraal Joods Overleg zich ingespannen voor de teruggave en de verdeling van Joodse oorlogstegoeden. Deze werkzaamheden duren tot op heden voort.
In 1999 en 2000 werden akkoorden bereikt met de Nederlandse Overheid, banken, beurs en verzekeraars. Naast erkenning van gemaakte fouten in het naoorlogse beleid resulteerden de overeenkomsten in de teruggave van fl. 764,12 miljoen (€ 364,74 miljoen). Bij alle onderhandelingen werd door het CJO het uitgangspunt gehanteerd dat er uitsluitend over restitutie van Nederlands Joods bezit gesproken kon worden, en niet over vergoedingen voor het tijdens en na de oorlog veroorzaakte leed. Hoewel het CJO het niet als zijn taak ziet de gelden zelf te verdelen, draagt het CJO wel verantwoording voor een correcte uitvoering van de overeenkomsten.
Individuele uitkeringen
Ruim fl. 352 miljoen (€ 159,7 miljoen) is tussen december 2000 en februari 2002 in de eerste ronde voor individuele uitkeringen verdeeld onder Joodse oorlogsoverlevenden en hun plaatsvervangers. Deze verdeling wordt uitgevoerd door het Bureau Maror-gelden. In mei 2002 werd het restant uit de eerste ronde verdeeld in een tweede ronde.
Collectieve gelden
Een ander deel van de gerestitueerde gelden, minimaal tien en maximaal twintig procent van het bedrag dat naar individuen ging, kwam ten goede aan collectieve doelen t.b.v. de Nederlands Joodse gemeenschappen in Nederland en Israel. Het CJO en het Platform Israel hebben afgesproken dat van deze beschikbare gelden 74 procent in Nederland bleef en 26 procent naar Israel zou gaan.
De verdeling van de collectieve tegoeden wordt momenteel nog uitgevoerd door de Stichting Collectieve Maror-gelden (COM). Het Bureau Maror-gelden is het uitvoeringsbureau van de COM en heeft ook de functie van helpdesk voor de aanvragers.
Joods Humanitair Fonds
Met de Nederlandse regering werd afgesproken dat een bedrag van fl. 50 miljoen (€ 22,69 miljoen) in een fonds werd voor Joodse en niet-Joodse humanitaire projecten in het buitenland. Dat Fonds is het Joods Humanitair Fonds.
